Il y a 300 ans, une terrible bataille a éclaté entre la Terre et Mars. Elle a depuis été surnommée "Guerre des Calamités" et la paix est maintenue, même si les tensions entre les deux fédérations n'ont pas disparu. C'est dans ce contexte que Cordelia arrive sur Terre afin de demander l'indépendance de Cryste, une cité martienne contrôlée par le gouvernement terrien. Pour aller à la rencontre du gouvernement, elle est escortée par la société de sécurité privée CGS dont sont membres Mikazuki Augus et Orga Itsuka. La CGS et Cordelia se retrouvent toutefois attaqués par Gjallarhorn. Pour riposter, Mikazuki utilise le Gundam Barbatos, un Mobile Suit utilisé lors de la "Guerre des Calamités" fonctionnant à l'aide d'un réacteur nucléaire. Le Gundam Barbatos est capable d'utiliser l'équipement de ses adversaires afin de devenir plus puissant. Orga voit en cette attaque une chance de se rebeller contre la CGS et de lancer un coup d'État. Nos deux héros se retrouvent ainsi plongés dans un nouveau conflit qui risque de vite les dépasser...

Takaki y Akari son dos compañeros de clase en la escuela primaria. Durante su tiempo juntos se volvieron amigos cercanos. Su relación es puesta a prueba cuando Akari se muda a otra ciudad debido al trabajo de sus padres. Ambos sufren dificultades para mantener su amistad viva, mientras el tiempo y la distancia lentamente los separa. Cuando Takaki se entera que se muda a un lugar más lejano, decide visitar a Akari por última vez.

En el año 2053, la Tierra ha perdido una gran parte de su población debido a una misteriosa forma de vida que ha aparecido desde el espacio. Con todos los contraataques de la humanidad fallidos, La Fuerza Japonesa de Fuji planea una estrategia para destruir al enemigo: la Operación Planzet. A Hiroshi Akishima, piloto del arma robótica, se le ha ordenado proteger a las personas de la base de Fuji. ¿Cómo podrá la humanidad sobrevivir a semejante crisis?